Madrasah Aliyah Raden Fatah sebagai madrasah yang terus eksis mengikuti perkembangan zaman, memiliki program unggulan diantaranya:
- Boarding School (Pondok Pesantren) “PP FATHUL HUDA”
- Keterampilan Tata Rias
- Keterampilan Tata Busana dan Membatik
- Komputer dan Multimedia