Selain menyelenggarakan kegiatan pembelajaran ilmu agama dan ilmu umum, Madrasah Aliyah Raden Fatah Prambanan juga menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler yang dapat menunjang dan mengembangkan minat dan bakat siswa. Adapun beberapa kegiatan ekstrakurikuler yang dapat diikuti siswa antara lain:
- Olah Raga
- Tata Rias
- Tata Busana dan Membatik
- Seni Musik & Hadroh
- Seni Kaligrafi
- Komputer dan Multimedia